Dejiny univerzity začínajú v roku 1959, kedy vznikol Pedagogický inštitút v Nitre. Spočiatku sa vysoká škola venovala príprave učiteľov pre základné a neskôr i stredné školy. Od roku 1960 pripravuje učiteľov pre školy s vyučovacím jazykom maďarským. Neskôr rozvinula svoje pôsobenie do výchovy vedcov a vysoko kvalifikovaných odborníkov pre rôzne sféry verejného a kultúrneho života.

Dôležitým medzníkom bol rok 1992, kedy sa skonštituovala Vysoká škola pedagogická v Nitre. V roku 1993 vznikli Fakulta humanitných vied a Fakulta prírodných vied. Univerzita Konštantína Filozofa v Nitre bola schválená Národnou radou Slovenskej republiky 23. októbra 1996. Slávnostná inaugurácia sa konala 13. februára 1997 za účasti predstaviteľov ministerstva školstva SR, vlády SR, rektorov vysokých škôl, vysokých cirkevných predstaviteľov, predstaviteľov kultúrnej verejnosti SR, kraja i mesta Nitra. Starosloviensky chorál prednesený speváckym zborom študentov univerzity v deň slávnostnej inaugurácie navodzoval hĺbavú atmosféru čias, keď sa za pôsobenia Konštantína a Metoda hlaholika stala prvým písmom organizovanej vzdelanosti a staroslovienčina prvým spisovným jazykom na Veľkej Morave a v rámci nej aj Nitrianskeho kniežatstva.

Rok 2001 priniesol vznik Fakulty sociálnych vied a zdravotníctva, o dva roky neskôr bola zlúčením národnostných sekcií fakúlt a univerzity vytvorená Fakulta stredoeurópskych štúdií.

V roku 2010 Univerzita Konštantína Filozofa v Nitre obhájila status univerzitnej vysokej školy.