Vedeckovýskumná orientácia UKF pokrýva široké spektrum prírodných, humanitných a spoločenských vied v oblasti základného a aplikovaného výskumu, ako aj v oblasti inovácie didaktických metód, foriem a obsahu študijných programov. Výskumná činnosť sa realizuje na pracoviskách fakúlt v rámci jednotlivých prioritných oblastí: