Chýbajúca inštalácia bezpečnostného certifikátu nesie v sebe dva problémy:

• Tým, na prvý pohľad sa prejavujúcim, je obťažovanie používateľa neustálymi upozorneniami na problém s bezpečnosťou a ten, pokiaľ chce pokračovať v práci, musí zakaždým odsúhlasovať výnimku.
• Druhým, omnoho dôležitejším, je bezpečnosť - systém po inštalácii certifikátu sleduje jeho platnosť (vydavateľa, dobu platnosti a pod.) a v prípade nesúladu, okamžite upozorní používateľa. Používateľ s nenainštalovaným certifikátom zvyčajne automaticky potvrdzuje výnimku a tento fakt s obľubou využívajú rôzni útočníci, ktorí prostredníctvom podvrhnutého certifikátu dokážu získať a následne zneužiť napr. prihlasovacie údaje.